T1 : Biologic Databases : An user point of view, with Antônio Basílio de Miranda (DBBM FIOCRUZ RJ)

    T2 : Computational Intelligence, with Ana Lúcia C. Bazzan (Instituto de Informática - UFRGS) and André C. Ponce de Leon F. de Carvalho (Depto de Ciência da Computação, ICMC-USP São Carlos)

    T3 : Algorithms in Bioinformatics, with Guilherme Pimentel Telles (Depto de Ciência da Computação, ICMC-USP São Carlos)

    T4 : DNA sequencing and assembly, with Felipe Rodrigues Silva (Cenargen, Embrapa DF)

    T5 : Clustering and Data Mining, with José Augusto Baranauskas (Depto de Física e Matemática . USP Ribeirão Preto)

Atention: Limited availability for tutorials and the short-course!  

Biologic Databases : An user point of view, with Antônio Basílio de Miranda
In this tutorial we will browse some of the main public databases in the molecular biology area. More specifically, we will take a look at DNA and protein sequence databases, protein domain and family databases, proteomic and 3D structure databases, metabolic and microarray databases, genomic databases, mutation and polymorphism databases and finally bibliographic databases. We will examine the different kinds of data, how to submit and retrieve sequences and/or other data and available tools for sequence analysis.

Antonio Basílio de Miranda is a Pharmacist (Federal University of Rio de Janeiro, UFRJ), M. Sc. (Genetics, UFRJ), D. Sc. (Genetics, UFRJ), and has spent one year at the Sanger Centre (UK) as a post-doc in Bioinformatics. He is an associate researcher at the Oswaldo Cruz Foundation, Rio de Janeiro, Brazil.

Algoritmos em Bioinformática, with Guilherme Pimentel Telles
Este mini-curso aborda alguns problemas importantes e recorrentes em bioinformática, como a comparação de seqüências, a montagem de fragmentos e o clustering, do ponto de vista da sua complexidade computacional, enfocando a dificuldade adicionada pela natureza biológica dos dados e algumas alternatívas usadas na prática para resolvê-los.

Guilherme P. Telles é doutor em Ciência da Computação pelo Instituto de Computação da Unicamp. Durante seu doutorado fez parte do time do Laboratório de Bioinformática daquele Instituto, laboratório que foi responsável "pela computação" do projeto genoma da Xylella fastidiosa, primeiro projeto genoma brasileiro, do projeto genoma da cana-de-açúcar e de vários outros. Por essa participação recebeu a distinção Honra ao Mérito Científico e Tecnológico do Governo do Estado de São Paulo. Atualmente é professor do Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação da USP, em São Carlos.

DNA sequencing and assembly, with Felipe Rodrigues Silva Current biochemical limitations in the DNA sequencing process demand assembly of 2 or more fragments to describe sequences above 500 bases. This mini-course shows the limitations and improvements of the sequencing biochemistry and discusses sequencing strategies and assembling algorithms.

Mini-CV Felipe Rodrigues da Silva
Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia
Felipe Rodrigues da Silva has got his B.Sc. in Biology (1993), Masters (1996) and Ph.D. in Genetics (2001) at the State University of Campinas (Unicamp). He is involved in assembling and annotation of genomes since the first Brazilian Genome Project: the complete sequencing of the plant pathogen Xylella fastidiosa. A former member of the Institute of Computing (1998-2000) and of the Genomic Group at the CBMEG (1997-2001), both at Unicamp, he established and coordinated the Bioinformatics Team at the CBMEG and was also involved in the coordination of the sugarcane genome project. His works in genomics resulted in 11 scientific papers. He is presently member of the Bioinformatics Laboratory at Embrapa Genetic Resources & Biotechnology and is involved in the Coffee and Banana genome projects.

Clustering and Data Mining, with José Augusto Baranauskas
Data Mining (ou Mineração de Dados) consiste na busca de informação valiosa existente em grandes volumes de dados, tratando-se de um esforço cooperativo entre homens e computadores. O tutorial aborda técnicas de pré-processamento de dados, mineração de dados e pós-processamento da informação. Clustering consiste em uma das técnicas de mineração de dados.

Mini-cv de José Augusto Baranauskas: Graduação, mestrado e doutorado no ICMC-USP (São Carlos). Exerci funções de analista de sistema na Companhia de Desenvolvimento de Ribeirão Preto, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Atualmente, sou docente do Departamento de Física e Matemática da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, USP.
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"Inteligência Computacional" com Ana Lúcia C. Bazzan e André C. Ponce de Leon F. de Carvalho
Diversos projetos Genoma têm gerado uma grande quantidade de dados, que precisam ser analisados. A realização destes dados de forma manual, em laboratórios, se mostra impraticável e muito custosa. Como resultado, técnicas computacionais sofisticadas têm sido pesquisadas para a análise destes dados. Dentre estas técnicas, têm merecido atenção especial as técnicas de Aprendizado de Máquina e de Agentes Inteligentes. Aprendizado de Máquina estuda o desenvolvimento de métodos capazes de extrair descrições de conceitos a partir de exemplos e tem sido muito bem sucedida quando aplicada a diversos problemas de Bioinformática. Neste mini-curso, algumas destas aplicações serão discutidas. Inicialmente, serão apresentados os principais conceitos de algumas técnicas de Inteligência Artificial utilizadas com freqüência em Bioinformática. Estudos de casos envolvendo a aplicação destas técnicas serão em seguida discutidos.

Mini-CV Ana Lúcia C. Bazzan
Profa. Dra. Ana Lucia C. Bazzan: engenheira pela Escola Politécnica da USP em 1985, mestre em Ciência da Computação pela UFRGS em 1992 e doutora pela Universidade Karlsruhe (TH) em 1997 com uma tese na Área de Coordenação de Agentes; de 1997 a 1998 realizou um pós doutorado na University of Massachusetts in Amherst no laboratório do Prof. Victor Lesser; atualmente é professora adjunta do Depto. de Informática Teórica no Inst. de Informática da UFRGS. Participa dos projetos Laboratório de Bioinformática e Projeto de Investigação de Genomas Sul (PIGS) entre outros; coordenadora de vários projetos na Área de sistemas multiagentes; trabalho recente na Área (Bazzan et al. 2002) apresentado na conferência ECCB'2002 e publicado na revista Bioinformatics; orientou e orienta mestrandos e bolsistas de iniciação científica e co-orienta dois doutorandos sendo um deles na Área de bioinformática; co-chair do Primeiro Workshop Brasileiro de Bioinformática (WOB) realizado em outubro de 2002 em Gramado, RS; membro do comitê de programa dos workshops BIXMAS E NETTAB (Bioinformatics and Multi-Agent Systems) realizados em julho de 2002 em Bologna, Itália.

Mini-CV André C. Ponce de Leon F. de Carvalho
Professor Livre-Docente do Departamento de Ciências de Computação e Estatística do ICMC, Universidade de São Paulo. Doutor em Ciência de Computação pela University of Kent at Canterbury, Grã-Bretanha, 1994. Passou o ano de 2000 de licença sem vencimentos da USP, trabalhando como Professor Associado da University of Gueplh, no Canadá. Publicou vários artigos em congressos e periódicos nacionais e internacionais, capítulos de livros e 2 livros. É um dos editores chefe do periódico "International Journal of Computational Intelligence and Applications", editado pela Imperial College Press. É co-autor do livro Redes Neurais Artificiais: teoria e aplicações, publicado pela editora LTC (Livros Técnicos e Científicos). Organizou o II Simpósio Brasileiro de Redes Neurais e foi coordenador da Comissão Especial de Redes Neurais da Sociedade Brasileira de Computação.