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Time
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3/12
Wednesday
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4/12
Thursday
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5/12
Friday
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9h
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T1/T2
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T3
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T4/T5
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10h30
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Coffee
Break
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Coffee
Break
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Coffee
Break
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11h
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T1/T2
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T3
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T4/T5
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12h30
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Lunch
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Lunch
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Lunch
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13h30
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Opening
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14h
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TS1
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TS2
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TS3 |
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16h
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Coffee
Break
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Coffee
Break
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Coffee
Break
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16h30
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Speaker 1
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PS
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Speaker 2
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18:30h
- 19h30
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Meeting CE BioComp
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Panel
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Closing
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TS: Technical Session -
presentation of the selected papers
PS: Posters Session- oral
presentation of the selected posters
T1 to T5:Tutorials
Additional Activities:
Perl Short-course: tuesday Dec 12th 9-17h
WOB2003 Dinner: thursday Dec 4th 20:30h (optional - tickets sold on site)
CE BioComp:
Brazilian Computation Society (SBC) Special Interest Group in Computational Biology
Panel:
Patents and Integration Academy-Bioinformatics Industry
Daniel Ingber - Celera Genomics
João Carlos Setúbal- LBI, Unicamp
Renata Reis - Universidade Estadual do Norte Fluminense (UENF)
Ricardo Amaral Remer - Alves, Vieira, Lopes, Atem & Remer Advogados e Consultores:
Ricardo Amaral Remer é Engenheiro Químico pela Universidade Federal do Paraná (1991); Pós-graduado Especialista em Direito de Propriedade Intelectual - FGV/RJ (2000); Mestre em Ciências - Biologia Celular e Molecular pelo Instituto Oswaldo Cruz - RJ (1996); Doutorando em Ciências Genética, Instituto de Biologia (UFRJ). MBA em Gestão Empresarial Fundação Getúlio Vargas/RJ
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WOB2003 Technical Program
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Wednesday,
December 3, 2003 - 2:00PM-4:00PM
TS1 - Genomics data mining - Chair: João Carlos Setubal |
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New ways for automatic detection of contaminats in EST
projects
João Piazza, João Setubal (Universidade Estadual de Campinas)
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Balancing Training Data for Automated Annotation of Keywords:
a Case Study
Gustavo Batista (University of São Paulo), Ana Bazzan (UFRGS),
Maria Carolina Monard (University of São Paulo)
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E. Coli Promoter Gene Sequence and Human Splice Site
Identification with Explanation by Extracting Rules from Trained
Artificial Neural Networks
Rodrigo Bianchi, Claudia Milaré (Universidade de São Paulo),
André Ponce de Leon F de Carvalho (ICMC-USP/S.Carlos)
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Copt-aiNet and the Gene Ordering Problem
Lalinka Gomes, Janaína de Sousa, George Bezerra (Unicamp),
Leandro de Castro (Unisantos), Fernando Von Zuben (University of
Campinas (Unicamp))
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Thursday,
December 4, 2003 - 2:00PM-4:00PM
TS2 - Biological data models and Functional analysis - Chair:
Georgios Pappas Jr. |
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A data model for comparative genomics.
Luciano Digiampietri (University of Campinas - UNICAMP), Claudia
Bauzer Medeiros (IC-UNICAMP), João Setubal (Universidade
Estadual de Campinas)
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A Conceptual Model for Molecular Biology Information
Luiz Seibel (Departamento de Informatica PUC-Rio), José Antonio
Macedo, Melissa Lemos (PUC-Rio), Sergio Lifschitz (Departamento
de Informatica - PUC-Rio), Antonio Basílio, Marcelo Alves, Wim
Degrave (Fundação Oswaldo Cruz)
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Development of a Computational Environment for Protein
Structure Prediction and Functional Analysis
Shaila Rössle, Paulo Carvalho (Universidade Federal do Rio de
Janeiro), Laurent Dardenne (dardenne@lncc.br), Paulo Bisch
(Federal University of Rio de Janeiro)
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Theoretical studies in a K49 PLA2 from snake venom Bothrops
neuwiedi pauloensis
Natalia Martins (Embrapa)
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Thursday,
December 4, 2003 - 4:30PM-6:30PM
PS - Poster Session - Chair: Georgios Pappas Jr. |
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A Genetic Algorithm applied to the Three-Dimensional
HP Protein Folding Model
Fábio Custódio (Laboratório Nacional de Computação
Científica - LNCC), Hélio Barbosa (Laboratório
Nacional de Computação Científica), Laurent Dardenne
(dardenne@lncc.br)
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Procsimo: uma Ferramenta de Procura de Similaridade
entre Operons
Carlos Azevedo, Alexandre Plastino (Universidade Federal
Fluminense), Ana Tereza Vasconcelos (Laboratório
Nacional de Computação Científica)
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A relational database for COG data
Marcelo Perez, Patrícia Carrião, João Setubal
(Universidade Estadual de Campinas)
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Extracting knowledge from the p53 mutation database:
the influence of tabagism in the somatic mutations
profile of lung cancer subjects
Heitor Lopes (CEFET-PR), Adilson Dias (Faculdade de Ciências
Médicas da Santa Casa de São Paulo)
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Determinação de regiões ortólogas múltiplas
Nalvo Almeida, Luciana Montera (Universidade Federal de
Mato Grosso do Sul)
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Publishing and Querying Blast Results Using Grid
Services
Felipe Leite (Federal University of Rio de Janeiro),
Luiz Alberto Da Costa (Universidade Federal do Rio de
Janeiro), Fernanda Baião (UFRJ), Marta Mattoso (COPPE/UFRJ)
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Data Management via Web Services in Bioinformatics
Workflows
Fabricio Teixeira, Maria Cláudia Cavalcanti (Federal
University of Rio de Janeiro), Fernanda Baião (UFRJ),
Luiz Meyer (Federal University of Rio de Janeiro),
Shaila Rössle (Universidade Federal do Rio de Janeiro),
Paulo Bisch (Federal University of Rio de Janeiro),
Marta Mattoso (COPPE/UFRJ)
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Genetic Schema Mapping Support
Fatima Cristina Gonçalves (Federal University of Rio de
Janeiro), Marta Mattoso (COPPE/UFRJ), Maria Cláudia
Cavalcanti (Federal University of Rio de Janeiro - NCE)
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A Grid Alternative Solution for Protein Folding
Studies Applications
Flavia Agostini (Laboratorio Nacional de Computacao
Cientifica), Carla Osthoff (Laboratório de Computação
Científica), Pedro Pascutti (UFRJ), Alex Vassalo (LNCC),
Diogo Pinto (BIOF UFRJ)
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DNA Sequences Base Calling by PHRED: Error
Francisco Prosdocimi (UFMG), Fabiano Peixoto (LCC UFMG),
J. Miguel Ortega (Lab. Biodados, ICB-UFMG)
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A Software Tool to Aid in the Search for Intron
Markers derived from EST data
Wellington Martins (Universidade Católica de Goiás),
Simone Vasconcelos (Universidade Católica de Brasília),
David Bertioli (Universidade Católica de Brasília e
Embrapa/Cenargen)
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Using Structural Signatures for Identifying Globins:
the Intra-Subunit Electrostatic Interactions
Tiago Prado (Universidade Federal de Minas Gerais),
Wagner Meira, Jr. (UFMG), Marcelo Santoro, Márcio
Carvalho, Rodrigo Carceroni, Carlos Silveira, Raquel
Melo, João Fonseca (Universidade Federal de Minas
Gerais)
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HIV-I Protease Mutants Molecular Dynamics Research on
Grid Computing Environment
Cleverson Veronez (LNCC), Carla Osthoff (Laboratório de
Computação Científica), Pedro Pascutti (UFRJ)
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Amino Acid Coding with Sliding Window Technique
Thiago Rodrigues (Federal University of Minas Gerais),
Lucila Pacifico, Santuza Teixeira, Sergio Oliveira, Antônio
Braga (UFMG)
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Distributed blast using grid service technology
Marcos Costa (Cenargen-EMBRAPA), Roberto Togawa (Embrapa-Cenargen),
Robson Miranda (UCB), Georgios Pappas (Universidade Católica
de Brasília)
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Skew Handling for Parallel BLAST Processing
Rogério Costa (PUC-Rio), Sergio Lifschitz (Departamento
de Informatica - PUC-Rio)
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Friday, December
5, 2003 - 2:00PM-4:00PM
TS3 - Algorithms - Chair: Nalvo F. Almeida Jr. |
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The Syntenic Distance Problem Using Only Fusions and Fussions
Zanoni Dias (Unicamp), João Meidanis (Instituto de Computação
- Unicamp)
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Computing Maximum Subsequence in Parallel
Carlos Alves (Universidade São Judas Tadeu), Edson Cáceres (UFMS),
Siang Song (Universidade de São Paulo)
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Improving the algorithm of Bafna and Pevzner for the problem
of sorting by transpositions
Maria Emilia Machado Telles Walter (University of Brasilia (UnB)),
Mauro Sobrinho (University of Brasilia)
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A genetic algorithm for the phylogeny problem using an
optimized crossover strategy based on path-relinking
Celso Ribeiro, Dalessandro Vianna (Catholic University of Rio de
Janeiro)
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An $O(n^4)$ algorithm for alignment with non-overlapping
inversions
Alair Pereira do Lago (Universidade de São Paulo), Ilya Muchnik,
Casimir Kulikowski (Rutgers University)
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Tutorials
