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RESUMOS
"Bancos de Dados Biológicos: um enfoque de usuário"
Neste tutorial iremos explorar alguns dos principais bancos de dados na
área da biologia molecular. Mais especificamente, exploraremos bancos
de dados de seqüências nucleotídicas e protéicas, de famílias
e domínios protéicos, de estruturas 3D e proteômica, de metabolismo
e microarranjos de DNA, bancos de dados genômicos, mutações e polimorfismos
e finalmente bancos de dados bibliográficos. Examinaremos os diferentes tipos
de dados, como submeter e recuperar seqüências e/ou outros dados e as
ferramentas disponíveis para a análise de seqüências.
Antonio Basílio de Miranda é farmacêutico, mestre e doutor
em Genética pela UFRJ, com pós-doutoramento em bioinformática no Sanger
Centre (UK). É pesquisador associado na Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz),
no Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular (DBBM), sediado no Rio de Janeiro.
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"Inteligência Computacional" com Ana Lúcia C.
Bazzan e André C. Ponce de Leon F. de Carvalho
Diversos projetos Genoma têm gerado uma grande quantidade de dados, que
precisam ser analisados. A realização destes dados de forma manual,
em
laboratórios, se mostra impraticável e muito custosa. Como resultado,
técnicas computacionais sofisticadas têm sido pesquisadas para a
análise
destes dados. Dentre estas técnicas, têm merecido atenção
especial as
técnicas de Aprendizado de Máquina e de Agentes
Inteligentes. Aprendizado
de Máquina estuda o desenvolvimento de métodos capazes de extrair
descrições de conceitos a partir de exemplos e tem sido muito
bem sucedida
quando aplicada a diversos problemas de Bioinformática. Neste
mini-curso,
algumas destas aplicações serão discutidas. Inicialmente, serão
apresentados os principais conceitos de algumas técnicas de
Inteligência
Artificial utilizadas com freqüência em Bioinformática. Estudos
de casos
envolvendo a aplicação destas técnicas serão em seguida discutidos.
Mini-CV Ana Lúcia C. Bazzan
Profa. Dra. Ana Lucia C. Bazzan: engenheira pela Escola Politécnica da
USP
em 1985, mestre em Ciência da Computação pela UFRGS em 1992 e
doutora pela
Universidade Karlsruhe (TH) em 1997 com uma tese na Área de
Coordenação de
Agentes; de 1997 a 1998 realizou um pós doutorado na University of
Massachusetts in Amherst no laboratório do Prof. Victor Lesser;
atualmente
é professora adjunta do Depto. de Informática Teórica no Inst. de
Informática da UFRGS. Participa dos projetos Laboratório
de Bioinformática
e Projeto de Investigação de Genomas Sul (PIGS) entre
outros; coordenadora
de vários projetos na Área de sistemas multiagentes; trabalho recente
na
Área (Bazzan et al. 2002) apresentado na conferência ECCB'2002
e publicado
na revista Bioinformatics; orientou e orienta mestrandos e bolsistas de
iniciação científica e co-orienta dois doutorandos sendo um deles
na Área
de bioinformática; co-chair do Primeiro Workshop Brasileiro de
Bioinformática (WOB) realizado em outubro de 2002 em Gramado, RS;
membro do
comitê de programa dos workshops BIXMAS E NETTAB (Bioinformatics and
Multi-Agent Systems) realizados em julho de 2002 em Bologna, Itália.
Mini-CV André C. Ponce de Leon F. de Carvalho
Professor Livre-Docente do Departamento de Ciências de Computação e
Estatística do ICMC, Universidade de São Paulo. Doutor em Ciência
de
Computação pela University of Kent at Canterbury, Grã-Bretanha,
1994.
Passou o ano de 2000 de licença sem vencimentos da USP, trabalhando
como
Professor Associado da University of Gueplh, no Canadá. Publicou
vários
artigos em congressos e periódicos nacionais e internacionais,
capítulos de
livros e 2 livros. É um dos editores chefe do periódico
"International
Journal of Computational Intelligence and Applications", editado pela
Imperial College Press. É co-autor do livro Redes Neurais Artificiais:
teoria e aplicações, publicado pela editora LTC (Livros Técnicos e
Científicos). Organizou o II Simpósio Brasileiro de Redes Neurais e
foi
coordenador da Comissão Especial de Redes Neurais da Sociedade
Brasileira
de Computação.
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Algoritmos em Bioinformática, com Guilherme
Pimentel Telles
Este mini-curso aborda alguns problemas importantes e recorrentes em bioinformática, como a
comparação de seqüências, a montagem de fragmentos e o clustering, do ponto de vista da sua
complexidade computacional, enfocando a dificuldade adicionada pela natureza biológica dos
dados e algumas alternatívas usadas na prática para resolvê-los.
Guilherme P.
Telles é doutor em Ciência da Computação
pelo Instituto de Computação da Unicamp. Durante seu doutorado fez parte do time do
Laboratório de Bioinformática daquele Instituto, laboratório que
foi
responsável "pela computação" do projeto genoma da Xylella
fastidiosa,
primeiro projeto genoma brasileiro, do projeto genoma da
cana-de-açúcar e
de vários outros. Por essa participação recebeu a distinção
Honra ao Mérito
Científico e Tecnológico do Governo do Estado de São Paulo.
Atualmente é
professor do Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação
da USP, em
São Carlos.
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Seqüenciamento e montagem de DNA, com Felipe Rodrigues da Silva
As atuais limitações bioquímicas no processo de seqüenciamento
de DNA
fazem com que qualquer seqüência maior que 500 bases seja descrita a
partir da montagem de 2 ou mais fragmentos. Este mini-curso explica a
bioquímica do seqüenciamento de DNA, suas limitações e seus
aprimoramentos. De posse destes conceitos, as diferentes estratégias
de seqüenciamento e os algoritmos de montagem são discutidos.
Mini-CV Felipe Rodrigues da Silva
Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia
Biólogo (1993), mestre (1996) e doutor em Genética (2001) pela
Unicamp,
Felipe Rodrigues da Silva está envolvido com montagem e anotação
de genomas desde o 1o projeto brasileiro, o de Xylella fastidiosa. Fez
parte
da equipe do Laboratório de Bioinformática do Instituto de
Computação
(1998-2000) e da equipe de Genômica do CBMEG (1997-2001), ambos da
Unicamp. Fundou e coordenou o grupo de Bioinformática do CBMEG e
fez parte da coordenação do projeto genoma da cana-de-açúcar. Seus
esforços na área de genômica lhe renderam a autoria de 11 trabalhos em revistas indexadas.
Atualmente faz parte do Laboratório de Bioinformática na
Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia, onde está envolvido nos projetos genoma do Café
e da Banana.
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Clustering and Data Mining, com José Augusto Baranauskas
Data Mining (ou Mineração de Dados) consiste na busca de informação valiosa existente em grandes volumes de dados,
tratando-se de um esforço cooperativo entre homens e computadores. O tutorial aborda técnicas de pré-processamento de dados, mineração de dados e pós-processamento da informação. Clustering consiste em uma das técnicas de mineração de dados.
Mini-cv de José Augusto Baranauskas: Graduação, mestrado e doutorado no ICMC-USP (São
Carlos). Exerci funções de analista de sistema na Companhia de Desenvolvimento
de Ribeirão Preto, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Atualmente, sou
docente do Departamento de Física e Matemática da Faculdade de Filosofia,
Ciências e Letras de Ribeirão Preto, USP.
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