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Segundo Workshop Brasileiro de Bioinformática
      WOB 2003
             Macaé, Rio de Janeiro, Brasil Dezembro 3-5, 2003
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wob2003@inf.puc-rio.br

Organização:

Departamento de Informática PUC-Rio Faculdade Salesiana Maria Auxiliadora - FSMA

Departamento   de Informática

Agradecimentos a: Profs. Clarisse de Souza e Simone Barbosa, SERG PUC-Rio.
Webmaster: Anolan Milanés (DI PUC-RIO)
Logo: Marcelus de Souza Siqueira (FSMA)

TUTORIAIS

Atenção: vagas limitadas para os tutoriais e o mini-curso!

RESUMOS

"Bancos de Dados Biológicos: um enfoque de usuário"

Neste tutorial iremos explorar alguns dos principais bancos de dados na área da biologia molecular. Mais especificamente, exploraremos bancos de dados de seqüências nucleotídicas e protéicas, de famílias e domínios protéicos, de estruturas 3D e proteômica, de metabolismo e microarranjos de DNA, bancos de dados genômicos, mutações e polimorfismos e finalmente bancos de dados bibliográficos. Examinaremos os diferentes tipos de dados, como submeter e recuperar seqüências e/ou outros dados e as ferramentas disponíveis para a análise de seqüências.

Antonio Basílio de Miranda é farmacêutico, mestre e doutor em Genética pela UFRJ, com pós-doutoramento em bioinformática no Sanger Centre (UK). É pesquisador associado na Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), no Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular (DBBM), sediado no Rio de Janeiro.

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"Inteligência Computacional" com Ana Lúcia C. Bazzan e André C. Ponce de Leon F. de Carvalho
Diversos projetos Genoma têm gerado uma grande quantidade de dados, que precisam ser analisados. A realização destes dados de forma manual, em laboratórios, se mostra impraticável e muito custosa. Como resultado, técnicas computacionais sofisticadas têm sido pesquisadas para a análise destes dados. Dentre estas técnicas, têm merecido atenção especial as técnicas de Aprendizado de Máquina e de Agentes Inteligentes. Aprendizado de Máquina estuda o desenvolvimento de métodos capazes de extrair descrições de conceitos a partir de exemplos e tem sido muito bem sucedida quando aplicada a diversos problemas de Bioinformática. Neste mini-curso, algumas destas aplicações serão discutidas. Inicialmente, serão apresentados os principais conceitos de algumas técnicas de Inteligência Artificial utilizadas com freqüência em Bioinformática. Estudos de casos envolvendo a aplicação destas técnicas serão em seguida discutidos.

Mini-CV Ana Lúcia C. Bazzan
Profa. Dra. Ana Lucia C. Bazzan: engenheira pela Escola Politécnica da USP em 1985, mestre em Ciência da Computação pela UFRGS em 1992 e doutora pela Universidade Karlsruhe (TH) em 1997 com uma tese na Área de Coordenação de Agentes; de 1997 a 1998 realizou um pós doutorado na University of Massachusetts in Amherst no laboratório do Prof. Victor Lesser; atualmente é professora adjunta do Depto. de Informática Teórica no Inst. de Informática da UFRGS. Participa dos projetos Laboratório de Bioinformática e Projeto de Investigação de Genomas Sul (PIGS) entre outros; coordenadora de vários projetos na Área de sistemas multiagentes; trabalho recente na Área (Bazzan et al. 2002) apresentado na conferência ECCB'2002 e publicado na revista Bioinformatics; orientou e orienta mestrandos e bolsistas de iniciação científica e co-orienta dois doutorandos sendo um deles na Área de bioinformática; co-chair do Primeiro Workshop Brasileiro de Bioinformática (WOB) realizado em outubro de 2002 em Gramado, RS; membro do comitê de programa dos workshops BIXMAS E NETTAB (Bioinformatics and Multi-Agent Systems) realizados em julho de 2002 em Bologna, Itália.

Mini-CV André C. Ponce de Leon F. de Carvalho
Professor Livre-Docente do Departamento de Ciências de Computação e Estatística do ICMC, Universidade de São Paulo. Doutor em Ciência de Computação pela University of Kent at Canterbury, Grã-Bretanha, 1994. Passou o ano de 2000 de licença sem vencimentos da USP, trabalhando como Professor Associado da University of Gueplh, no Canadá. Publicou vários artigos em congressos e periódicos nacionais e internacionais, capítulos de livros e 2 livros. É um dos editores chefe do periódico "International Journal of Computational Intelligence and Applications", editado pela Imperial College Press. É co-autor do livro Redes Neurais Artificiais: teoria e aplicações, publicado pela editora LTC (Livros Técnicos e Científicos). Organizou o II Simpósio Brasileiro de Redes Neurais e foi coordenador da Comissão Especial de Redes Neurais da Sociedade Brasileira de Computação.

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Algoritmos em Bioinformática, com Guilherme Pimentel Telles
Este mini-curso aborda alguns problemas importantes e recorrentes em bioinformática, como a comparação de seqüências, a montagem de fragmentos e o clustering, do ponto de vista da sua complexidade computacional, enfocando a dificuldade adicionada pela natureza biológica dos dados e algumas alternatívas usadas na prática para resolvê-los.

Guilherme P. Telles é doutor em Ciência da Computação pelo Instituto de Computação da Unicamp. Durante seu doutorado fez parte do time do Laboratório de Bioinformática daquele Instituto, laboratório que foi responsável "pela computação" do projeto genoma da Xylella fastidiosa, primeiro projeto genoma brasileiro, do projeto genoma da cana-de-açúcar e de vários outros. Por essa participação recebeu a distinção Honra ao Mérito Científico e Tecnológico do Governo do Estado de São Paulo. Atualmente é professor do Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação da USP, em São Carlos.

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Seqüenciamento e montagem de DNA, com Felipe Rodrigues da Silva
As atuais limitações bioquímicas no processo de seqüenciamento de DNA fazem com que qualquer seqüência maior que 500 bases seja descrita a partir da montagem de 2 ou mais fragmentos. Este mini-curso explica a bioquímica do seqüenciamento de DNA, suas limitações e seus aprimoramentos. De posse destes conceitos, as diferentes estratégias de seqüenciamento e os algoritmos de montagem são discutidos.

Mini-CV Felipe Rodrigues da Silva
Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia
Biólogo (1993), mestre (1996) e doutor em Genética (2001) pela Unicamp, Felipe Rodrigues da Silva está envolvido com montagem e anotação de genomas desde o 1o projeto brasileiro, o de Xylella fastidiosa. Fez parte da equipe do Laboratório de Bioinformática do Instituto de Computação (1998-2000) e da equipe de Genômica do CBMEG (1997-2001), ambos da Unicamp. Fundou e coordenou o grupo de Bioinformática do CBMEG e fez parte da coordenação do projeto genoma da cana-de-açúcar. Seus esforços na área de genômica lhe renderam a autoria de 11 trabalhos em revistas indexadas. Atualmente faz parte do Laboratório de Bioinformática na Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia, onde está envolvido nos projetos genoma do Café e da Banana.

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Clustering and Data Mining, com José Augusto Baranauskas
Data Mining (ou Mineração de Dados) consiste na busca de informação valiosa existente em grandes volumes de dados, tratando-se de um esforço cooperativo entre homens e computadores. O tutorial aborda técnicas de pré-processamento de dados, mineração de dados e pós-processamento da informação. Clustering consiste em uma das técnicas de mineração de dados.

Mini-cv de José Augusto Baranauskas: Graduação, mestrado e doutorado no ICMC-USP (São Carlos). Exerci funções de analista de sistema na Companhia de Desenvolvimento de Ribeirão Preto, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Atualmente, sou docente do Departamento de Física e Matemática da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, USP.
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